да, тут больше времени дорога занимает.
приблизительно расклад такой (по моему опыту): около 16 часов уходит поезд из Москвы в Брест. В Бресте оказываются ранним утром следующего дня, пересаживаются в автобус, проходят таможню (иногда границу проходят в электричке, а потом уже в Польше садятся в автобус). Потом переезд по территории Польши (чаще всего при этом останавливаются на несколько часов в центре Варшавы на экскурсию), ночевка на границе с Чехией, утром выезд по территории Чехии в Прагу (около 150 км).
конечно, на самолете быстрее (около 3 часов лёту)...
есть вроде бы прямые поезда в Прагу, но по ним не могу ничего сказать...